Kalastusalueen isännöitsijä huolehtii alueen juoksevista asioista ja päivittäisestä hallinnosta. Isännöitsijän valitsee kalastusalueiden hallitukset omissa kokouksissaan. Tehtävä on varsin vaativa, jos kalastusalueen asiat halutaan hoitaa parhaalla mahdollisella tavalla ja siksi isännöitsijän on hyvä olla koulutettu kalatalousalan ammattilainen. Oulun Kalatalouskeskuksella on Pohjois-Pohjanmaan alueella isännöintisopimus kahdesta kalastusalueesta, jotka ovat Iijoen vesistön kalastusalue ja Kuusamon kalastusalue.